천주교 제주교구(교구장 강우일 베드로)은 레지오 월례회의를 통하여 서귀포시에서 이슈가 되고 있는 제주해군기지 설치에 대하여 레지오 단원들에게 ‘해군기지 철회서명운동에 적극 참여’ 하라고 지령을 내려 신자들이 반발과 갈등 겪고 있다.

제주도내 천주교 레지오 단원들은 교구장의 시지내용에 대하여 "성모님의 군대는 군대이고, 나라의 군대는 군대가 아니냐?"고 하는 단원도 있고, 또 한 신자는 "교회의 영성적인 지도자가 영성적인 것에는 지시는 당연하지만, 해군기지에 대하여 찬성이나 반대하는 것 까지는 있을 수 있으나, 국책사업을 단원들에게까지 참여토록 강요하는 것은 너무 하는 것이 아니냐?" 하는 교우도 있고, "성직자가 나라 일에 너무 간섭한다" 면서 "차라리 성직자의 옷을 벗고 정치하러 가야 하는 것이 아니냐?"는 신자들도 있고, "일부 신부가 교구장의 이름을 빌어 내린 지시가 아닌가?"하는 신자도 있고, "성당내에서 정치적인 말은 삼가 합시다. 그냥 우리 할 일만 합시다"라는 신자도 있었다.

그리고 모 교우가 모 성당 까페에 해군기지에 대한 찬성의 글을 올린 것을 삭제해 버리는가 하면, 천주교제주교구평화의섬특별위원회에서 반대하는 유인물들을 각 성당에 보내어 주보에 끼워 신자들에게 배포하여 해군기지에 찬성할 마음을 흐리게 하고 있다는 지적도 있었다.

천주교 신자들 내에서도 해군기지에 찬성과 반대의 목소리가 드높아 가고 있어 신자들 간에도 갈등이 심화될 조짐이 보이고 있어 해군기지를 둘러싼 종교인들이 갈등이 양분화 되어 제2의 '이재수의 난'이 다시 일어날까 두려워하는 신자도 있다.

일명 성모님의 군대라고 칭하는 ‘레지오 마리애’ 조직은 천주교제주교구내 1개 레지아 밑에 3개 꼬미시움과, 그 하부에 31개 꾸리아가 있으며, 그 하부에 486개 쁘레시디움(도내 24여개의 성당 내)으로 구성되어 단원수가 4,317명이 있으며, 우리나라에는 270,186명(2006.8.기준)의 단원이 전국에서 활동하고 있으며, 교우자신의 영성생활과 전교활동 및 사회봉사활동 등에 성직자의 영적 지도아래 단장의 명령에 의해 조직적으로 활동하여 지역사회발전에도 큰 역할을 하고 있는 단체이다.