제주도는 한미FTA협상에 따른 대응방안을 마련하고, 이를 계기로 해 제주지역 내 모든 산업의 강력한 구조개편이 불가피함에 따라 첨단 및 제조업 분야에 대한 지역산업 발전전략을 마련하고 향후 2012년까지 총 2조 1880억원을 투입키로 했다.
1, 3차 산업 위주의 편중된 산업구조를 점차적으로 개편시켜 나가는 한편 지역산업 경쟁력을 확보할 수 있도록 산업구조를 고도화해 나가기로 했다.
이러한 제주지역 불균형한 산업구조 개편은 전문기관의 면밀한 분석에 의해 결정되는데, 제주도가 마련한 '제조.첨단산업 경쟁력 강화보고서'는 2017년까지 나름대로 농림어업 및 제조업을 10%대로 개편해야 한다는 의견을 제시하고 있다.
현재 제주지역 농림어업의 18.6%를 차지하는 산업구조를 제주 다음으로 높은 전남, 전북의 수준인 10%대로 낮추고, 제조업인 경우도 농업과 관광위주의 산업구조를 갖고 있는 제주 다음으로 가장 낮은 강원도 수준의 10%대로 끌어올려 산업간 불균형을 해소해 나갈 것을 제시하고 있다.
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