제주해군기지 사업준비단은 "국방부가 이를 공식 부인했음에도 불구 이를 군사기지 반대단체와 일부 언론이 마치 사실인 것처럼 주장하며 여론을 호도하고 있다"며 유감의 뜻을 표명했다.
또 "사실과 다른 내용을 단지 해군기지 반대라는 목적 달성을 우해 지속적으로 왜곡한다면 도덕적 책임은 물론 법적 책임을 묻지 않을 수 없다"고 피력했다.
제주해군기지 사업준비단은 지난 8일 제주지역 TV토론회 내용을 인용하며 "많은 분들이 해군기지건설에 공감하는 한편 일부는 해군기지시설에 대한 방어 임무를 위해 공군부대를 거기다 배치하려는 것 아니냐는 의혹을 제기했다"며 "그러나 국방부는 '공군부대가 제주 지역에 있다고 해서 해군기지를 방어하는데 필수불가결한 요건은 아니'라고 말했다"고 밝혔다.
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