제주시는 지난 2006년 12월부터 2개월동안 국비 3600만원과 지방비 1500만원 등 5100만원의 사업비를 투입해 차귀도 주변해역에 대한 수중정화사업을 실시했다고 2월 20일 밝혔다.
제주시는 차귀도 주변 110ha 일대 조간대와 수중에서 가연성 쓰레기 58.49㎥, 고철류 1.97t, 목재류 11㎥ 등을 수거했다.
한편 차귀도 천연보호구역은 국가지정 천연기념물 제422호로 지정된 곳으로 총 672만1395㎡에 이르는 연안.해역에 걸쳐 아열대성 동.식물이 다수 생육하고 있고 한국 미기록종과 생물이 지속적으로 발생하고 있는 중요한 학술적 가치를 지닌 구역이다.
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